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埋め立てや河川工事による沿岸環境の変化、生活や工場排水、船舶からの重油流出、マイクロプラスチックをはじめとするゴミの流出、魚介類の乱獲による生態系への影響、地球温暖化による海水温上昇など、人間の活動により海洋環境はダメージを受けており、海洋環境の保護が国際社会の課題となっている。
【環境動態解析】、【環境影響評価】、【環境モデリング・保全修復技術】、【環境リスク制御・評価】、【自然共生システム】といった分野では、海洋の汚染状況や海洋環境の悪化が海洋や海洋の生物に与える影響の調査や解析、対策などの研究を行っている。【船舶海洋工学】でも、工学の技術を用いて海洋環境の調査や環境保全に取り組んでいる。
生物学では【生物資源保全学】では海の生物や生態系の保全に、【水圏生産科学】では海洋環境と水産生物の保護に取り組んでいる。【国際法学】では、海洋環境保護に関する国際条約について研究する。