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事業や人の活動によって起こる大気汚染、水質汚濁、土壌汚染、騒音、振動、地盤沈下、悪臭といった公害。【環境技術・環境負荷低減】では、公害の原因となる物質を排出しない技術や、汚染物質の除去技術、防音・防震、地盤沈下対策を講じるための研究開発を行う。【環境モデリング・保全修復技術】や【環境リスク制御・評価】でも、公害の状況調査と評価、汚染除去や修復技術の開発、公害が人の健康に与える被害の検証などを行っている。
【グリーン・環境化学】では、環境に負荷の少ない化学反応や化学物質の廃棄方法の研究開発を行う。【土木環境システム】では、排水処理や、道路に排ガスを滞留させないための大気循環、騒音・振動対策などを担う。【環境政策・環境社会システム】では、有害物質の排出規制や環境基準の設定、経済活動と環境保全の両立、環境法など、社会的側面から、公害の防止や除去にアプローチする。